Viena no galvenajām problēmām pēc novadu darbības uzsākšanas ir atsevišķu novadu pašvaldību sadalīšanas mēģinājumi un patstāvīgu pašvaldību izveidošana uz sadalīto teritoriju bāzes, pamatojoties uz iedzīvotāju un deputātu veiktajām aktivitātēm, teikts Reģionālās attīstības un pašvaldību lietu ministrijas (RAPLM) izstrādātajā informatīvajā ziņojumā par administratīvi teritoriālās reformas īstenošanu un izmaiņām pašvaldību finanšu izlīdzināšanā.
Domstarpības novērotas ne vien starp Roju un Mērsragu. Arī Alojas novada Staiceles pilsētas un Staiceles pagasta iedzīvotāji 2010.gada 1.martā ir vērsušies Alojas novada domē ar lūgumu organizēt publisko apspriešanu par Alojas novada pašvaldības administratīvās teritorijas robežas grozīšanu, iesniedzot vairāk nekā 400 iedzīvotāju parakstītu iesniegumu. Alojas novada dome lēmumu par publiskās apspriešanas rīkošanu jautājumā par novada pašvaldības administratīvās teritorijas robežas grozīšanu plāno pieņemt 2010.gada 21.aprīlī.
RAPLM ir tikusies ar augstāk minēto pašvaldību deputātiem, darbiniekiem un iedzīvotājiem, lai noskaidrotu reālo situāciju pašvaldībās. Konfliktsituācijas Rojas un Alojas novados neesot saistītas ar pakalpojumu pasliktināšanos attiecīgo novadu pagastos un pilsētās, bet gan ar politiskiem aspektiem, kā arī ar pašvaldības amatpersonu un deputātu nepietiekamo komunikāciju ar iedzīvotājiem.
Masu informācijas līdzekļos ir izskanējusi informācija par iedzīvotāju un deputātu aktivitātēm saistībā ar Krustpils, Ķekavas un Rēzeknes novadu sadalīšanu. Tāpat esot zināma informācija par aktivitātēm saistībā ar Rēzeknes novada un Viļānu novada apvienošanu, veidojot Rēzeknes novadu bijušā Rēzeknes rajona teritorijā.
RAPLM pieļauj, ka novadu sadalīšanas un apvienošanas jautājumi var aktualizēties ne tikai iepriekš minētajos novados, bet arī citos novados. Līdz ar to kā problēma tiek atzīmēts fakts, ka Administratīvo teritoriju un apdzīvoto vietu likumā nav skaidra regulējuma un noteiktas procedūras novadu sadalīšanas un apvienošanas jautājumos, piemēram, likumā nav noteikts, kā notiek jaunu novadu administratīvo teritoriju izveidošana.
Ziņojumā atzīmēts, ka 2007.gadā pašvaldībām piešķirtās dotācijas novadu infrastruktūras attīstībai izlietojuma termiņš beidzās 2009.gada nogalē. RAPLM ir sagatavojusi noteikumu projektu, kas paredz pašvaldībām, kurām dotāciju piešķīra 2007.gadā un kuras to nav izlietojušas atbilstoši minētiem noteikumiem, pagarināt dotācijas izlietojuma termiņu līdz 2010.gada 31.decembrim.
2010.gadā vienreizējā dotācija novadu pašvaldību infrastruktūras attīstībai piešķirta divām pašvaldībām 46 593 latu apmērā. Dotācija 1 528 858 latu apmērā vēl jāizmaksā astoņām novadu pašvaldībām. Dotācijas kopapjoms no 2005.gada, kas izmaksāts un izmaksājams pašvaldībām administratīvi teritoriālās reformas ietvaros novadu infrastruktūras attīstībai, ir aptuveni 96 miljoni latu.
Ar 2009.gadu 31.decembri savu darbību saskaņā ar Rajonu pašvaldību reorganizācijas likumu ir izbeigušas rajonu pašvaldības. Rajonu pašvaldību reorganizācijas procesa koordināciju un uzraudzību veica RAPLM. No attiecīgo pašvaldību iesniegtajām pārskatiem par rajonu pašvaldību reorganizācijas plāna izpildi izriet, ka rajonu pašvaldību institūcijas, manta, finanšu līdzekļi, tiesības un saistības saskaņā ar reorganizācijas plānu ir nodotas pašvaldībām un plānošanas reģioniem.
Pašlaik vēl tiek risināts jautājums par bijušās Valmieras rajona pašvaldības nekustamā īpašuma nodošanu valstij. Uz zemes gabala atrodas Izglītības un zinātnes ministrijas padotībā esošā Vidzemes augstskola. Attiecīgā atsavināšanas procedūra līdz 2009.gada 31.decembrim nebija vēl veikta, tomēr Izglītības un zinātnes ministrija ir sagatavojusi attiecīgu Ministru kabineta rīkojuma projektu, kas pašlaik tiek saskaņots ar attiecīgām ministrijām un tiek virzīts izskatīšanai Ministru kabinetā.
Administratīvi teritoriālās reformas likumā bija noteikts izstrādāt likumprojektu par reģionālajām pašvaldībām - apriņķiem. Vairākkārtēji mēģinājumi izveidot apriņķu pašvaldības beidzās neveiksmīgi, jo sabiedrībā bija atšķirīgi viedokļi par apriņķu skaitu, to administratīvo centru noteikšanu un kompetences apjomu. Vienlaicīgi sabiedrības daļa atbalstīja uzskatu, ka apriņķu pašvaldības var vispār neveidot, ja tiek izveidotas teritoriāli pietiekami lielas un funkcionāli spēcīgas vietējās pašvaldības - novadi un republikas pilsētas.
Pēc administratīvi teritoriālās reformas daudzas novadu pašvaldības, izanalizējot iedzīvotāju apkalpošanas efektivitātes uzlabošanas iespējas, secinājušas, ka pašvaldības pakalpojumu sniegšanā piemērojams vienas pieturas aģentūras (VPA) princips. Dažās pašvaldībās iedzīvotāju pieņemšanas un apkalpošanas organizēšanā jau sekmīgi tiek īstenots VPA princips - Rīgā, Ventspilī, Liepājā, Jēkabpilī, Jelgavā, Valmierā. Liepājā pēc VPA principa pašvaldība sākusi nodrošināt arī Valsts sociālās apdrošināšanas aģentūras un Nodarbinātības valsts aģentūras pakalpojumu sniegšanu.
Arī pēc administratīvi teritoriālās reformas īstenošanas Latvijā pastāv ievērojamas atšķirības starp novadu pašvaldību finanšu kapacitātēm, kas skaidrojamas gan ar objektīviem sociālekonomiskiem, ģeogrāfiskiem, kultūrvēsturiskiem faktoriem, gan ar faktoriem, ko raksturo pašvaldību darbības efektivitāte, gan arī ar subjektīviem faktoriem. Joprojām pašvaldību izdevumu vajadzības ir atšķirīgas gan nevienādās demogrāfiskās un sociālekonomiskās situācijas aspektā, gan atšķirīgajiem ģeogrāfiskā novietojuma un dabas apstākļiem.
Lai pielāgotu esošo pašvaldību finanšu izlīdzināšanas sistēmu jaunajai situācijai, Saeimā 2009.gada 22.oktobrī tika pieņemti grozījumi likumā "Par pašvaldību finanšu izlīdzināšanu", kas stājās spēkā 2009.gada 24.novembrī. Šie likuma grozījumi ir pagaidu risinājums 2010. un 2011.gadam. Šajā laikā jāvienojas par jaunu, objektīvu, stabilu, uz Eiropas Padomes rekomendācijās ietvertiem principiem balstītu pašvaldību finanšu izlīdzināšanas sistēmu. Ministru kabinetam līdz 2011.gada 1.janvārim jāiesniedz Saeimai likumprojekts par pašvaldību finanšu izlīdzināšanu.
2009.gadā līdz administratīvi teritoriālās reformas īstenošanai 10,8% pašvaldību veica iemaksas pašvaldību finanšu izlīdzināšanas fondā, 12,4% - bija neitrālas un 76,8% - saņēma dotāciju, bet 2010.gadā 17,8% pašvaldību veic iemaksas pašvaldību finanšu izlīdzināšanas fondā, 8,4% - ir neitrālas un 73,8% - saņem dotāciju.
Kā pašreizējā pašvaldību finanšu izlīdzināšanas modeļa priekšrocības tiek minēts tas, ka modelis nodrošina pašvaldību ieņēmumu daļēju izlīdzināšanu, ņemot vērā izdevumu nepieciešamības atšķirības, modelis kopumā tiek vērtēts kā labs un objektīvs, pašvaldības pie šī modeļa ir pieradušas, modelis neparedz kardinālas, bet tikai visnepieciešamākās izmaiņas, lai likvidētu laika gaitā izveidojušos sistēmas deformāciju, un modelī saglabājas salīdzinoši liela valdības un pašvaldību sarunu nozīme, līdz ar to ir subjektīvs valsts atbalsts.
Savukārt šī finanšu izlīdzināšanas modeļa trūkumi ir tas, ka modelī izmantots šaurs izdevumu kritēriju klāsts - tikai demogrāfiskie rādītāji, nav ņemtas vērā pilsētu - lauku atšķirības, taču vienkāršs grupējums divās grupās: pilsētas - lauki nav objektīvi iespējams, saglabājas salīdzinoši augsts izlīdzināšanas līmenis, pašvaldību finanšu izlīdzināšanas fonda dotācijas saņēmējas pašvaldības nav finansiāli motivētas palielināt savus nodokļu ieņēmumus.