Paziņojot par Vakcinācijas projekta biroja reorganizāciju, Veselības ministrija reizē uzsvēra, ka Vakcinācijas projekta biroja darbiniekiem pēc reorganizācijas atalgojums tiks noteikts saskaņā ar vienoto valsts pārvaldes atalgojuma sistēmu. Veselības ministrs Daniels Pavļuts LTV raidījumā “1:1” atklāja, ka darbiniekiem papildus pamatalgai varēs maksāt piemaksas. Līdz ar to realitātē Vakcinācijas projekta biroja darbiniekiem iekļaujoties Nacionālā veselības dienesta (NVD) struktūrā, viņu atalgojums varētu būt tāds pats ka šobrīd.
Vakcinācijas projekta biroja vadītājas Evas Juhņēvičas alga šobrīd ir 4905 eiro, kas pārsniedz pat ministru mēnešalgu. Birojā strādājošajiem koordinatoriem šobrīd algā maksā 4247 eiro mēnesī, kas savukārt pārsniedz, piemēram, Nacionālā veselības dienesta, Neatliekamās medicīniskās palīdzības dienesta vai Veselības inspekcijas vadītāju algas.
D. Pavļuts gan atzina, ka pagaidām viņš nav runājis ar darbiniekiem par atalgojuma lielumu pēc reoganizācijas. Līdz ar to pagaidām jautājums, cik varētu maksāt šiem darbiniekiem nākotnē, ir teorētisks.
Nacionālā veselības dienesta (NVD) mājas lapā atrodamā informācija liecina, ka NVD darbiniekiem ir atļauts piemaksāt piemaksas no 30 līdz 100 procentu apmērā no pamatalgas.