Mārrutku saknes un lapas parasti izmanto, konservējot dārzeņus, visbiežāk vasarā skābējot gurķus.
Sakni izmanto arī auksto gaļas un zivju ēdienu piedevu gatavošanai, pievieno salātiem un zupām. Mārrutki ir viens no senākajiem garšaugiem, tie bija neaizstājama piedeva slāvu tautām, kas iemācījās mārrutkus kultivēt kopš 9. gadsimta, lai gan to vēsture gan kā piedevai, gan ārstnieciskam līdzeklim aizsākās krietni agrāk. Eiropā mārrutkus iepazina 16. gadsimtā. Mārrutku sakne satur glikozīdu sinigrīnu, ēteriskās eļļas, kurām galvenā sastāvdaļa ir alilsinepju eļļa, ogļhidrātus, askorbīnskābi, cukuru, cieti, fosforu, kalciju un citas vielas. Sakne ir labs C vitamīna avots. Lapās ir daudz askorbīnskābes, karotīns un flavonoīdi. Sarīvētus mārrutkus, kam pievienota skāba sula vai etiķis un cukurs, izmanto kā piedevu gaļas, zivju ēdieniem un dažādiem salātiem. Mārrutkus izmanto, lai uzlabotu apetīti, normalizētu gremošanas trakta darbību, to lapas var likt uz brūcēm, jo pasargā no inficēšanās, palīdz saaukstēšanās gadījumos un ja nomāc zobu sāpes. Sarīvētu mārrutku izmanto, ja ir radikulīts, reimatisms, neiralģija. Mārrutkus var sasmalcināt un pievienot citronu sulu.