Zemkopības ministrijas 2009.gada pārskats visos būtiskajos aspektos sniedz skaidru un patiesu priekšstatu par ministrijas finanšu stāvokli, tā izmaiņām un darbības rezultātiem, revīzijā konstatējusi Valsts kontrole (VK).
VK atzīst Zemkopības ministrijas (ZM) veiktās darbības iepriekšējā gada finanšu revīzijā konstatēto kļūdu un nepilnību novēršanā. Revīzijā nav atklātas būtiskas neatbilstības, kas ietekmētu ZM gada pārskatu, tomēr joprojām tiek konstatēti gadījumi, kad ZM un tās padotības iestādes nav ievērojušas normatīvo aktu prasības vai nav nodrošinājušas valsts budžeta līdzekļu efektīvu izlietošanu.
ZM un tās padotības iestādes, neievērojot normatīvo aktu prasības, 2009.gadā ir veikušas nodokļu pārmaksu Ls 1 017 909 apmērā, tajā skaitā par iedzīvotāju ienākuma nodokli - Ls 146 175 un valsts sociālās apdrošināšanas obligātajām iemaksām - Ls 272 225.
Veicot finansējuma pārdali budžeta programmas vai apakšprogrammas ietvaros starp izdevumu pozīcijām, ZM 2009.gadā ir piešķīrusi papildu finansējumu Ls 257 997 apmērā tādu izdevumu segšanai, kurus bija iespējams iepriekš plānot un prognozēt.
VK arī aicina ZM sakārtot darba attiecību noformēšanas un darbinieku uzskaites sistēmu, jo revīzijā tika konstatēti gadījumi, kad darba līgumi ir slēgti ar štatu sarakstā neiekļautiem darbiniekiem; par vienādu darbu veikšanu tiek slēgti gan darba, gan uzņēmumu līgumi; darbiniekam kā ārštata ekspertam tik noteikta lielāka amatalga nekā štata darbiniekam par to pašu uzdevumu veikšanu u.c.
Lauku atbalsta dienesta (LAD) izveidotā Nacionālo subsīdiju izmaksu sistēma nenodrošina budžeta izdevumu pietiekamu kontroli, jo aprēķini tiek veikti manuāli, kā rezultātā, piemēram, 2009. gadā valsts atbalsta saņēmējiem nepamatoti izmaksāts atbalsts Ls 50 377 apmērā.
LAD nelietderīgi izlietojis Ls 18 403,89, 2008. gadā avansā samaksājot pilnu samaksu par Oracle licenču uzturēšanu līdz 29.11.2010., kas vēlāk atzīts par nevajadzīgu pakalpojumu. Fiskālo disciplīnu nodrošinošo tiesību aktu pārkāpumi konstatēti arī Valsts tehniskās uzraudzības aģentūrā (VTUA), kura avansa maksājumos ir pārmaksājusi Ls 39 664.
VK revīzijas ziņojumā norāda arī uz nepietiekami izsekojamo LAD reorganizācijas procesu, jo centralizētās grāmatvedības ieviešanu reglamentējošie tiesību akti ir pretrunīgi, un grāmatvedības uzskaiti joprojām veic arī reģionālo struktūrvienību darbinieki.
VTUA rēķinos nav izsekojama klientu veiktās samaksas atbilstība reāli sniegtajam pakalpojumam, kā arī iestādes izrakstītajos rēķinos ir norādīti cenrādim neatbilstoši izcenojumi, kas neatbilst normatīvo aktu prasībām. Līdz ar to VTUA nav arī nodrošinājusi vienotu attieksmi pret klientiem.
Valsts meža dienests (VMD) 2009. gadā ir veicis maksājumus Ls 2301,36 apmērā par transportlīdzekļa nomu, kuru darbinieks lielākoties ir izmantojis savām vajadzībām. VK atkārtoti norāda uz nepieciešamību pilnveidot VMD transportlīdzekļu izmantošanas politiku.
VK arī norāda, ka Latvijas lauksaimniecības universitāte (LLU) pārskata posteni "Debitori" uzrādījusi par Ls 14 089 lielākā apmērā, jo nav veikusi nedrošo (šaubīgo) pircēju un pasūtītāju parādu izvērtēšanu un tiem atbilstošu uzkrājumu veidošanu. VK aicina LLU pilnveidot iekšējās kontroles procedūras un novērst atkārtotu neprecīzas informācijas norādīšanu.