Pirmajam atjaunotās neatkarīgās Lietuvas Republikas iekšlietu ministram Marijonam Misjukonim izvirzītas apsūdzības genocīdā par dalību VDK operācijā, kurā 1965. gadā tika iznīcināts viens no pēdējiem Lietuvas nacionālajiem partizāniem, vēsta avīze "Lietuvos rytas".
Lietas izmeklēšana tika sākta jau 1998. gadā, un tās gaitā prokurori noskaidrojuši desmit personas, kas savulaik, strādājot padomju tiesībsargāšanas struktūrās, "īstenojušas genocīdu un ar aktīvu bruņotu uzbrukumu lēmušas šo partizānu nāvei". Sešu apsūdzēto vairs nav starp dzīvajiem. Līdz ar Misjukoni apsūdzības izvirzītas arī bijušajam Utenas VDK nodaļas priekšniekam Sergejam Tihomirovam un vēl divām Lietuvā dzīvojošām personām.
Tagad Panevēžas apgabala prokuratūra nodevusi šo lietu tiesai. Lietuvas likumdošana par piedalīšanos genocīdā paredz brīvības atņemšanu uz laiku no pieciem līdz divdesmit gadiem vai mūža ieslodzījumu.
VDK operācija pret vienu no pēdējiem Lietuvas nacionālajiem partizāniem - Antanu Kraujeli - notika 1965. gadā Anīkšču rajonā. Māju, kurā viņš slēpās, aplenca drošībnieki, un viņš, nevēlēdamies padoties, nošāvās.
Uzzinot par lietas nodošanu tiesā, 70 gadus vecais Misjukonis sacījis, ka viņam tas neesot nekas jauns, jo šai sakarā viņš tiekot vajāts jau 18 gadus. Bijušais ministrs savu vainu neatzīst, norādot, ka Kraujelis nošāvies pats, nepieņemot piedāvājumu padoties un pirms tam nošaujot savas slēptuves saimnieku un divus miličus.
Misjukonis bijis gan Lietuvas PSR, gan neatkarīgās Lietuvas iekšlietu ministrs. Internetā atrodamas norādes, ka valstiskās neatkarības atgūšanas laikā viņš pasargājis iekšlietu struktūras no šķelšanās un bruņotas konfrontācijas, īstenojis milicijas depolitizāciju, likvidējot tajā komunistiskās partijas organizācijas.
2000.gadā Lietuvas prezidents Valds Adamkus viņu apbalvoja ar Lietuvas Dižkunigaiša Ģedimina 3.pakāpes ordeni. Tai reizē Misjukonis pats stāstīja avīzei "Lietuvos rytas", ka pēc kara noslepkavota viņa ģimene, taču darbā Lietuvas PSR Valsts Drošības komitejā viņš nav iestājies pēc savas ierosmes - pēc Tieslietu fakultātes ceturtā kursa beigšanas viņam un vēl dažiem studentiem piedāvāts darbs drošības struktūrās, un viņš norīkots uz Anīkščiem, kur kļuvis par VDK operatīvo darbinieku.
Lietuvas pretošanās cīņu dalībnieks Antans Kraujelis (1928-1965) pirmajos pēckara gados bija partizānu sakarnieks, bet vēlāk pats kļuva par partizānu. 1998.gadā viņš pēc nāves apbalvots ar Vīša Krusta III pakāpes ordeni.