Beidzot sakustējis vairāk nekā desmit gadus iestrēgušais likumprojekts par Svētā Pētera baznīcas īpašumtiesībām. Tas paredz nodot dievnamu Latvijas Evaņģēliski luteriskās baznīcas (LELB) pārziņā. Rīgas dome gan joprojām uzskata, ka tās pārziņā būtu jāatstāj baznīcas apsaimniekošana. Tā apšauba, vai LELB būs gana līdzekļu, lai uzturētu kārtībā šo valsts nozīmes arhitektūras pieminekli un vai baznīca būs sabiedrībai pieejama.
Baznīca līdz 1939. gadam piederēja tās vācu draudzei. Pēc tam, kad vācbaltieši repatriējās uz savu etnisko dzimteni, dievnams pārgāja LELB īpašumā, taču juridiski tas tā arī palika nenoformēts. 90. gadu sākumā, atjaunojot Latvijas brīvvalsti, baznīcas, izņemot Pēterbaznīcu un Rīgas Domu, tika atdotas reliģiskajām organizācijām. Par Domu bijis vieglāk izlemjams, kam tas piederēs, bet ar Pēterbaznīcu bija sarežģītāk, jo tā pēc kara bija atjaunota par ievērojamiem valsts līdzekļiem un ir īpaši svarīgs kultūrvēsturisks piemineklis, Saeimas Izglītības, kultūras un zinātnes komisijā skaidroja Tieslietu ministrijas pārstāve Olga Zeile. 2005. gadā tika izveidota darba grupa, kas izvērtēja, kam tad īsti atstāt dievnamu - Rīgas domei, LELB vai valstij. Tika nolemts, ka tas būtu jāatdod LELB. Ministru kabinets trīs reizes šo likumprojektu sniedzis Saeimā, bet bez rezultāta.
LELB arhibīskaps Jānis Vanags uzsvēra, ka Pēterbaznīca luterāņiem ir ļoti svarīga, jo tajā sākās reformācija Baltijā. Turklāt pirms kara dievnams piederējis Svētā Pētera baznīcas vācu draudzei, kas tagad iestājusies LELB. Romas Katoļu baznīca un Luterāņu baznīca ārpus Latvijas arī neiebilstot tādai lietu virzībai. Katrā ziņā, kad sākotnēji Rīgas Doms un Pēterbaznīca tika izņemtas no vispārējās kārtības, nebija paredzēts, ka tās var atdot jebkuram. Viņš piebilda, ka LELB lieliski tiekot galā ar Rīgas Domu, kāpēc gan lai netiktu galā ar Pēterbaznīcu.
Romas Katoļu baznīcas Rīgas arhibīskaps metropolīts Zbigņevs Stankevičs norādīja: pirms kāda laika izskanējušais apgalvojums, ka katoļi bloķē luterāņu projektu, esot «feikziņa» un mēģinājums iedzīt ķīli savstarpējās pozitīvajās attiecībās. Katoļi nepretendējot uz šo īpašumu, lai gan pirms reformācijas Pēterbaznīca piederēja katoļiem. Tā ir svarīga sakrāla vieta, tāpēc neesot vienalga, kas tajā notiek. Viņa piedāvājums esot tāds - tur, kur sākās kristiešu šķelšanās, tur lai tā arī beidzas. Lai tā kalpo kristiešu sadraudzībai un apvienībai. Taču tur nebūtu jāliedz piedalīties katoļiem un citām konfesijām, pretējā gadījumā «tas smaržotu pēc viduslaikiem», un likumprojektā vajadzētu ietvert ekumenisko dimensiju - neatkarīgi no tā, kas to apsaimniekos.
Pēterbaznīcas vācu draudzes pārstāvis Stefans Meisners gan iebilda - nevēlētos, lai baznīca pārvērstos par publisku iestādi, kur rīkotos citas konfesijas, bet vācu draudzei galu galā nebūtu nekādas teikšanas un iespējas rīkot savus pasākumus, kā tas ir pašreiz. Viņš arī noliedza, ka draudze ir tik maza, ka tā nespēs uzturēt šo vietu kārtībā. Tā apvieno ap 1000 cilvēku, un jau līdz šim ieguldīti draudzes līdzekļi ēkas atjaunošanā.
Rīgas pašvaldības pārstāve, Sv. Pētera baznīcas pārvaldes direktora vietniece Una Jansone atgādināja, ka šis dievnams sākotnēji bija Rīgas brīvo pilsoņu īpašums, proti, Rīgas rātei piederošs. Tas arī turpmāk atstājams pilsētai kā sakrāla vieta, kurā bez dievkalpojumiem notiek arī sakrāli koncerti un izstādes.
Kultūras darbinieku arodbiedrības vadītājs Aldis Misēvičs vērsa uzmanību uz 13 darbinieku, kas strādā baznīcā, tālāko likteni. J. Vanags solīja, ka neviens darbinieks netiks dzīts projām.
Šobrīd nav atrisināts jautājums par zemes gabalu ap baznīcu, kur ir senkapi. Tas ir ierakstīts uz pašvaldības vārda. Tas nozīmē, ka, piemēram, restaurācijas gadījumā, ja ap ēku nāksies izvietot sastatnes, nāksies nomāt zemi no Rīgas domes. Ir svarīgi arī regulēt to, kas notiek ap baznīcu, līdzīgi kā tas ir ar Doma laukumu.