Valsts sekretārs ir augstākais valsts civildienesta ierēdņa amats Latvijas Republikā un, kā liecina valsts amatpersonu iesniegtās deklarācijas par 2015. gadu, arī viens no labāk atalgotajiem valsts pārvaldes amatiem. Atsevišķos gadījumos valsts sekretāru ieņēmumi apsteidz pat valsts augstākās amatpersonas. Turklāt vairāki valsts sekretāri papildus šim amatam darbojas arī kapitālsabiedrībās ar valsts kapitāldaļām, par ko saņem krietnu atalgojumu.
Lai gan pirms sešiem gadiem valsts pārvaldē tika ieviesta vienota atalgojuma sistēma, izpētot valsts sekretāru iesniegtās valsts amatpersonu deklarācijas, Neatkarīgā secināja, ka dažu ministriju augstākie ierēdņi pērn saņēmuši par trešdaļu lielāku atalgojumu nekā viņu kolēģi citās ministrijās. Finanšu ministrijas valsts sekretāre Baiba Bāne pērn algā no savas ministrijas saņēma 60 000 eiro, bet Kultūras ministrijas valsts sekretārs Sandis Voldiņš – 40 000 eiro. Tiesa, teju visu ministriju valsts sekretāri, izņemot Ārlietu ministrijas valsts sekretāru Andreju Pildegoviču, gada griezumā ir saņēmuši augstāku samaksu nekā 2014. gadā. Vieniem pieaugums bijis pāris procentu, citiem pāris desmitu apmērā.
Starp trīspadsmit valsts sekretāriem 2015. gadā dāsnāko atalgojumu – 110 989 eiro – saņēmusi B. Bāne, jo līdzās 60 179 eiro algai no Finanšu ministrijas viņai izmaksāti arī 50 810 eiro no Rīgas brīvostas pārvaldes. Līdzīga situācija bija arī 2014. gadā, kad papildus 44 000 eiro par valsts sekretāra vietnieka un kopš gada vidus par valsts sekretāra amata pildīšanu B. Bāne otrtik saņēma no Rīgas brīvostas pārvaldes. Satiksmes ministrijas valsts sekretārs Kaspars Ozoliņš pērn atalgots ar 81 158 eiro, jo papildus algai no Satiksmes ministrijas arī viņam izmaksāti 35 740 eiro no Rīgas brīvostas pārvaldes. 2014. gadā K. Ozoliņš saņēma atalgojumu gan no Rīgas brīvostas pārvaldes, gan ienākumus no Ventspils brīvostas pārvaldes, kas kopā ar atalgojumu no Satiksmes ministrijas viņam ļāva nopelnīt 85 000 eiro gadā. Savukārt Ekonomikas ministrijas valsts sekretāra Ringolda Beinaroviča finanses par aptuveni 26 000 eiro pērn uzlaboja saņemtā alga no valsts akciju sabiedrības Latvijas Valsts ceļi.
Protams, Latvijas amatpersonu atalgojums tālu atpaliek no Eiropas Savienības institūcijās strādājošo augstās samaksas par darbu. Valdis Dombrovskis, būdams Latvijas premjerministrs, gadā saņēma aptuveni 33 000 eiro. Patlaban, esot Eiropas Komisijas viceprezidenta amatā, viņa oficiālā alga aptuveni ir 298 016 eiro, liecina Apvienotās Karalistes Eiroskeptiskās partijas publicētais pētījums par 200 labāk atalgotajām ES amatpersonām.
Viena no vispieredzējušākajiem valsts sekretāriem ir Dace Lucaua, kura Zemkopības ministrijas valsts sekretāra amatu ieņem kopš 2007. gada. Viņas iesniegtā valsts amatpersonas deklarācija par 2007. gadu liecina, ka algā no Zemkopības ministrijas viņa saņēmusi 57,6 tūkstošus latu jeb 82 tūkstošus eiro un 7992 latus jeb 11 372 eiro no valsts akciju sabiedrības Latvijas valsts meži. 2008. gadā viņas atalgojums jau sasniedza 64 tūkstošus latu jeb 91 tūkstoti eiro, kuriem pieskaitot atlīdzību no Latvijas valsts mežiem 8880 latu jeb 12 tūkstošu eiro apmērā, kopējie ieņēmumi jau pārsniedz 100 tūkstošus eiro. Tiesa, nākamajos gados vairs tik dāsnu atalgojumu D. Lucaua nav saņēmusi. Pērn algā no Zemkopības ministrijas viņa saņēma aptuveni 50 tūkstošus eiro.
Iekšlietu ministrijas valsts sekretāre Ilze PētersoneGodmane valsts sekretāra amatā strādā kopš 2009. gada. Viņas atalgojums septiņu gadu laikā pieaudzis par aptuveni 40 procentiem jeb no 32 tūkstošiem eiro 2010. gadā līdz 46 tūkstošiem eiro pērn.