Zinātnisko institūtu (ZI) vērtējums izraisīja daļā pētnieku pamatīgu sašutuma vētru – dokuments tika nodēvēts par subjektīvu un kļūdainu.
Tomēr ir tādi, kas uzskata: tas atklāj patieso ainu, jo Latvijā tiešām ir daudz vāju zinātnisko institūtu. Un iemesls tam – neveiksmīga valsts zinātnes politika. Viņi arī pieļauj: pārmaiņas nesekos, un pētījums tā arī noguls plauktā.
«Starptautiskais vērtējums ir adekvāts, un mums tiešām ir vesela virkne vāju ZI, to vidū – daudz augstskolu fakultāšu, kas faktiski nenodarbojas ar zinātni, bet tikai ar mācību darbu,» uzskata Jauno zinātnieku apvienības valdes priekšsēdētājs Egils Stalidzāns, piebilstot: kā jau jebkurā pētījumā, esot arī kļūdas, bet «tas ir gluži saprotami». Viņaparāt, ir jāizvērtē, kuri ZI ir dzīvotspējīgi, bet kuri – ne. Lai gan viņš pieļauj, ka «tāpat ar laiku nomirs tie, kuri būs neperspektīvi un kuros neienāks jauni pētnieki». Ja šo procesu grib paātrināt, tad turpmāk valsts nauda būtu jādod pārsvarā tiem, kas ir izcilnieki un ir sava veida valsts kvalitātes zīme. «Jāatbalsta ar līdzfinansējumu tie, kas ar saviem projektiem spēj piesaistīt un novirzīt uz Latviju Eiropas Savienības līmeņa konkurencē saņemtu finansējumu. Jo ir žēlīgi, ja ZI spēj pretendēt tikai uz valsts naudu.» E. Stalidzāns ir pārliecināts, ka arī nacionālas nozīmes institūti var darboties starptautiskā līmenī. Diemžēl, kā rāda dati, Latvijas lokālie ZI šajā ziņā nereti vairākkārt atpaliek no kaimiņiem lietuviešiem un igauņiem. Zinātnieks teic, ka Slovēnijā valsts plāno piešķirt līdzekļus arī tiem, kas starptautiskos konkursos augsti novērtēti, bet paliek teju aiz svītras, lai ZI «nezaudētu iniciatīvu un darbošanās prieku». Viņš domā, ka tos, kuri vērtējumā saņēma vienu vai divas balles, tomēr vajadzētu reorganizēt, gan ne mehāniski apvienojot, jo tas attīstību neveicinās.
Latvijas Zinātnes institūtu asociācijas vadītājs un Latvijas Organiskās sintēzes institūta direktors Ivars Kalviņš uzskata, ka nepieņemami bija tas, kā šis vērtējums tika publiskots, neizskaidrojot, kas aiz skaitļiem slēpjas. Viņš skarbi teic: ja vērtētu pēc ballēm, tad valsts zinātnes politika būtu tā, kas pelnījusi nulli. Visa līdzšinējā valsts rīcība novedusi pie tā, ka jau kopš 1991. gada atbalsts pētniecībai ir sarucis no 1,6% no iekšzemes kopprodukta līdz 0,6%. Zinātnieku skaits samazinājies pat septiņkārt. Likvidēts atbalsts infrastruktūras attīstībai: laboratorijām, mehāniskajām darbnīcām utt. – faktiski atstāja zinātniekus bez kādām iespējām palīdzēt rūpniecībai. (Lietuva un Igaunija šo atbalstu ZI nav liegusi.) Šos mīnusus uzrādījuši vairāki pētījumi, un arī zinātnieki diemžēl nerodot atsaucību valdībā.
Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centra zinātniskās padomes priekšsēdētājs Elmārs Grēns ir pārliecināts, ka sāpīgi griezieni būs jāizdara. Augstskolas, kuru pakļautībā ir daudz ZI, arī to saprotot un meklējot, kā optimizēt tos. Tāpat atbalstāms attīstības virziens ir valsts pētniecības centri, arī asociācijas var būt labs sadarbības veids. E. Grēns uzskata, ka «vissliktākais būs, ja viss nomierināsies un nekas nemainīsies». E. Stalidzāns gan šaubās, vai līdz nākamajām Saeimas vēlēšanām notiks būtiskas pārmaiņas. I. Kalviņš ir vēl skeptiskāks: līdzšinējā pieredze rāda, ka šāda veida pētījumi galu galā nogulst putekļainos plauktos. «Vērtējumam vajadzēja būt gatavam, pirms tika pieņemts budžets un trīs gadu attīstības plāns. Tagad tam ir tikai papīra vērtība, jo zem tā nav finansiāla seguma.