Atļauja būvēt dzelzceļu no Rīgas caur Jelgavu uz Liepājas ostu tika saņemta 1867. gadā, un jau pēc gada atklātais dzelzceļš deva spēcīgu impulsu Jelgavas turpmākajai attīstībai. Vēlāk izbūvētas līnijas Krustpils–Ventspils un Rīga–Meitene (Viļņa). Līdz ar to Jelgavas dzelzceļa stacija ir viens no nozīmīgākajiem dzelzceļa transporta mezgliem Latvijā.
Stacija sastāv no diviem parkiem – Jelgava I un Jelgava II. Parkā Jelgava I tiek veikta vilcienu pieņemšana, nosūtīšana, tehniskā un komercapstrāde, savukārt parka Jelgava II ceļi paredzēti vilcienu caurlaišanai. Jelgavas stacija vidēji diennaktī apstrādā ap 60 kravas vilcienu. Tāpat tai piekļaujas dažādu uzņēmumu un firmu sliežu pievedceļi, no kuriem lielākie pieder: SIA Ferons, SIA Baltic Agro, SIA Liepiņš un SIA Astarte Nafta, kā arī INFN-3 Jelgavas stacijā galvenokārt tiek apstrādātas būvmateriālu, naftas produktu un minerālmēslu kravas. Lai klientiem nodrošinātu pilnu pakalpojumu servisu un realizētu ritmisku un drošu kravu pārvadājumu sistēmu, Jelgavas dzelzceļa mezglā izveidotas vairākas LDz struktūrvienības, tostarp Ceļu distance, Signalizācijas un sakaru distance, Rīgas ekspluatācijas iecirkņa un Reģionālas apsaimniekošanas iecirkņa struktūras, kā arī LDz meitas uzņēmumu filiāles SIA LDZ infrastruktūra, SIA Cargo, SIA LDZ apsardze.
Lai nodrošinātu efektīvus un drošus kravu pārvadājumus, tā sauktajā Austrumu–Rietumu dzelzceļa koridorā un galvenokārt aktīvākajā dzelzceļa līnijā Rīga–Jelgava–Ventspils VAS Latvijas dzelzceļš veic mērķtiecīgu dzelzceļa infrastruktūras uzlabošanas programmu, kam tiek piesaistīti ES Kohēzijas fonda līdzekļi, kā arī ieguldītas LDz finanšu investīcijas. Tiek atjaunoti un modernizēti sliežu ceļi, ierīkotas ērtas pārejas un uzstādītas augstākās klases drošības sistēmas, kas atsaucas arī uz Jelgavas un citu apdzīvoto vietu iedzīvotāju dzīves kvalitāti.
Transporta sistēmas attīstīšanai un dzelzceļa rekonstrukcijai ir vairāki ieguvumi: uzlabojas dzelzceļa konkurētspēja, tiek veicināta reģiona attīstība, jo piecu dažādu projektu ietvaros Latvija no Eiropas Savienības (ES) Kohēzijas fonda ir saņēmusi līdzfinansējumu vairāk nekā 111 miljonu latu apmērā. "ES līdzfinansē projektus līdz 85% no to kopējām izmaksām, lai ar Kohēzijas fonda starpniecību izlīdzinātu ekonomiskās un sociālās attīstības atšķirības starp ES dalībvalstīm," norāda LDz attīstības plānošanas un projektu vadības daļas vadītāja Aija Poča.
Līdz ar Rīgas ostas darbības aktivizēšanu Daugavas kreisajā krastā tiek spriests par iespējamiem risinājumiem, kā novirzīt kravas vilcienus uz Rīgas Brīvostas termināļiem Daugavas kreisajā krastā, apejot Rīgas centru. Šobrīd tiek izvērtēta ideja par lielāku kravu plūsmu iecirknī Krustpils–Jelgava un tad, pagriežoties Rīgas virzienā, uz iecerēto jauno kravu pieņemšanas staciju Bolderāja II pie Spilves. A. Poča pastāstīja, ka konsultantu kompānija Konstruktionsgruppe Bauen Latvija projekta Daugavas kreisā krasta dzelzceļa maršrutu uz ostas teritorijām un Starptautisko lidostu "Rīga" izpēte ietvaros pašlaik tiek veikta nopietna dzelzceļa maršrutu un ar to rekonstrukciju saistīto iespējamo izmaksu analīze, lai noteiktu optimālāko no maršrutiem. Saistībā ar Jelgavas dzelzceļa mezglu ir izskatītas divas alternatīvas dzelzceļa līniju Jelgava–Krustpils un Rīga–Jelgava savienojumam. Kā pirmā alternatīva ir izskatīta savienot iepriekšminētās līnijas, neskarot apdzīvotas teritorijas.
Šāda iespēja ir atrasta, taču šajā gadījumā būtiski pasliktinās maršruta ekspluatācijas apstākļi un vilcienu kustības intensitāte. Piemērotāka šķiet otrā alternatīva, kas paredz savienojumu veidot no Cenu stacijas Garozas virzienā, kur kādreiz ir bijis sliežu ceļa atzars un kam jau ir divlīmeņu krustojums ar autoceļu A8 Rīga–Jelgava. Šajā gadījumā puse no jaunbūvējamās trases ietu cauri Branku ciematam ar retinātu apbūvi.
Ņemot vērā iespējamos šāda projekta īstenošanas tehniskos, finansiālos, sociālekonomiskos, vides un stratēģiskās ilgtermiņa attīstības perspektīvas aspektus, turpmākajai padziļinātai izpētei tika apstiprināta otrā alternatīva.
Vienlaikus jāatzīmē, ka šī izpēte ir orientēta uz tālāku perspektīvu – varbūtēju šādu maršrutu izveidi pēc 2020.– 2025. gada. Jebkurā gadījumā tuvākajā laikā ir iespējams nodrošināt kravu pārvadājumus pa jau esošajiem maršrutiem, neveidojot pagriezienu uz Rīgu.
Lai uzlabotu vilcienu kustības drošību, mazinātu sliežu ceļu vibrācijas un trokšņus, Kohēzijas fonda līdzfinansētā projekta Sliežu ceļu rekonstrukcija Austrumu–Rietumu koridorā ietvaros līnijā Krustpils–Jelgava no 2006. līdz 2009. gadam tika atjaunoti gandrīz 36 km sliežu ceļa, savukārt šogad tiks rekonstruēti aptuveni 15 km sliežu ceļa. Ieguvums ir ne tikai modernizēta dzelzceļa infrastruktūra, bet, īstenojot projektus, tiek atjaunotas caurtekas un ūdens novadīšanas sistēmas, veikti zemes darbi, sakārtotas dzelzceļa nodalījuma joslas, izcirsti krūmi un bīstamie koki. Vides sakārtošana ap dzelzceļu ir jo īpaši būtiska arī drošības garantēšanas aspektā, lai ātrās palīdzības dienestiem ir vieglāk piekļūt notikuma vietai, lai palīdzētu cilvēkiem vai novērstu avārijas sekas.