Ainaži Latvijas sabiedrībā pamatā asociējas ar diviem jēdzieniem – Krišjānis Valdemārs un pirmā Latvijas jūrskola, kas būtībā ir viens un tas pats, jo Vidzemes jūrmalā pie Igaunijas robežas atrodas latviešu profesionālās jūrniecības šūpulis.
Tieši šeit 1864. gadā vietējie Ainažu kuģinieki, kuģniecības entuziasta Krišjāņa Valdemāra iedvesmoti, par pašu ziedotiem līdzekļiem nodibināja pirmo jūrskolu, kurā bez maksas jūras zinības varēja apgūt latviešu un igauņu zemnieki.
Ainažu Jūrskolas muzejs ir piemiņas vieta šai pirmajai latviešu profesionālajai jūrskolai un tās absolventiem - latviešu un igauņu kapteiņiem un stūrmaņiem.
Ierosinājumu restaurēt bijušās jūrskolas ēku un iekārtot tajā muzeju izteica toreizējais LPSR Vēstures un revolūcijas muzeja direktors Jānis Skolis. To atbalstīja arī vietējās Ainažu un Limbažu pašvaldības. Par muzeja dibināšanu var uzskatīt 1968. gada 18. decembri, kad Latvijas PSR Kultūras ministrija izdeva pavēli bijušajā kapteiņa Jura Veides saimes ēkā, kurā sākuma gados darbojās jūrskola, izveidot Rīgas Vēstures un kuģniecības muzeja filiāli - Ainažu Jūrskolas muzeju. Līdzekļus ēkas restaurācijai piešķīra zvejnieku kopsaimniecības Brīvais vilnis, Enkurs un Igaunijas Kalur. Ēkas restaurāciju veica valsts saimniecība Ainaži. 1969. gada 20. jūlijā muzeju atvēra apmeklētājiem. Arī šodien Jūrskolas muzejs pilda savu misiju.